Hay nueve desafíos en los que enfocarse al incorporar probióticos en las matrices alimentarias. Son: 1. selección de cepas, 2. producción de cepas, 3. cómo inocular alimentos, 4. cómo asegurar la supervivencia durante el procesamiento, 5. cómo evitar la pérdida de viabilidad durante el almacenamiento, 6. cómo calcular el recuento de colonias [probióticos], 7. Efectos sobre las propiedades sensoriales de los alimentos, 8. [Preservación del producto] estabilidad en los hogares de los consumidores, 9. Y juega un papel en el tracto gastrointestinal.
Específicamente, en los jugos, los ácidos orgánicos a menudo llevan el pH del producto por debajo de 4, lo que inhibirá la supervivencia de los probióticos. En la selección, se deben considerar aquellos probióticos que toleran un pH bajo, como Lactobacillus sobre Bifidobacterium.